３．原材料管理
医薬品の原料は大きく；出発原料（I.一般化学品、II.基幹骨格化学品、III.毒性原料、IV.生体抽出物（"植物、動物組織、醗酵基材など）、V.生物体（醗酵母株・生体合成・組織培養）、VI.製剤用添加剤（界面活性剤、賦型剤、色素･香料）、VII.溶剤（有機溶剤、回収溶媒、精製水）、VIII.ガス（窒素、二酸化炭素、圧縮空気）、IX.包装・ラベル資材等に分類される。
これらの原料は仕様、使用場面が異なり、そのリスクは多様であるが、まずは共通のリスクを評価する。その後、各原料の持つ個々のリスクを評価する。
出発原料のリスク解析
各原料に関連するリスクの例を述べると；
I.一般化学品
1.製造所の生産停止、休止、長期の保守・定期修理
2.製造所の事故;火災、漏れ等の事故での休止、廃止、
3.石油価格の高騰による価格の高騰
4.在庫調整による生産調整、価格調整
5.製造所の統廃合による生産中止
6.製造所の廃業
7.環境問題で、生産中止、操業停止、工場移転
8.新規法令対応適合不可による、廃業
9.行政当局の意向で、製造所の閉鎖（インド、中国）
II.基幹骨格化学品
1.製造所の生産能の限界（増産不可能）
2.製造の変更で不純物profileの変動
3.出発原料の入手困難で製造制限、
4.製造所の廃業
5.環境問題で、生産中止、操業停止、工場移転
6.新規法令対応適合不可による、廃業
7.行政当局の意向で、製造所の閉鎖（インド、中国）
III.毒性原料
1.製造所の生産能の限界（増産不可能）
2.製造の変更で不純物profileの変動
3.出発原料の入手困難で製造制限、
4.製造所の統廃合による生産中止
5.製造所の廃業
6.環境･毒性問題で、生産中止、操業停止、工場移転
7.行政当局の意向で、製造所の閉鎖（インド、中国）
IV.生物体抽出 植物、動物組織、醗酵基材など
醗酵母株；
1.母株の歴代培養・保存中の遺伝子の変異で、生産物の変異、不純物profileの変化。
2.保存期間中の母株の製造能の失活、生命活動の停止
3.ファージの侵入で、微生物の死滅
4.母株の冷凍保存
5.保存もしくは遺伝子の固定化の安定性の不備
生化学合成；
1.生化学反応での微生物汚染、酵素能の低下
2.不純物プロファイルの変化
3.反応条件；温度、圧力、ｐH の差異による、反応速度の変動
組織培養母株；
1.生産能の変化（特に低下）、生産物の変異・不純物profileの変化。
2.保存期間中の母株の製造能の失活、生命活動の停止
3.母株の冷凍保存の安定性の不備
4.保存もしくは遺伝子の固定化の安定性の不備
5.母株の歴代培養・保存中の遺伝子の変異
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